Năm 2002, một đạo luật đã được thông qua cho phép những người chuyển giới đã trải qua phẫu thuật xác định lại giới tính để thay đổi giới tính của họ trên các tài liệu pháp lý của họ. Tuy nhiên, triệt sản là bắt buộc, trong số nhiều tiêu chí thách thức khác. Luật đã có hiệu lực vào năm 2003,[36] và được Tòa án tối cao Nhật Bản duy trì vào tháng 1 năm 2019. Đến ngày đó, 7.000 người đã thay đổi giới tính một cách hợp pháp. Tòa án muốn ngăn chặn "sự nhầm lẫn" trong quan hệ cha mẹ và con cái, cũng như "những thay đổi đột ngột" trong xã hội Nhật Bản. Hai trong số các thẩm phán đa số vẫn đưa ra lời kêu gọi xã hội "nắm lấy sự đa dạng của bản sắc tình dục", đồng thời bổ sung rằng các yêu cầu đã xâm lấn và khuyến khích Chế độ ăn uống quốc gia xem xét chúng.[37]

Vào ngày 24 tháng 2 năm 2012, Hiệp hội Luật sư Hyogo tuyên bố khuyến nghị một phụ nữ chuyển giới trong nhà tù nam được chuyển đến một tổ chức nữ.[38] Theo báo cáo này, một phụ nữ chuyển giới đã được đưa vào một cơ sở nam vì tình trạng hợp pháp của cô ấy, mặc dù đã trải qua phẫu thuật xác định lại giới tính trước khi bị giam giữ, và đã được một nhân viên nam kiểm tra, cắt tóc và đã bị từ chối bất kỳ điều trị nữ tính bao gồm cả quần áo nữ.

Kể từ tháng 4 năm 2018, người chuyển giới đã được bảo hiểm cho phẫu thuật xác định lại giới tính miễn là họ không được điều trị bằng hormone.[39] Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi cũng đã cho phép người chuyển giới sử dụng tên họ ưa thích trên thẻ bảo hiểm y tế của họ.

Vào tháng 6 năm 2018, Chính phủ Nhật Bản ban hành luật mới hạ độ tuổi chiếm đa số ở Nhật Bản xuống 18. Trong số những luật khác, luật mới quy định tuổi kết hôn là 18 đối với cả nam và nữ (trước đây phụ nữ có thể kết hôn ở tuổi 16) và cho phép thanh niên 18 tuổi có được hộ chiếu, thẻ tín dụng hợp lệ, v.v. Luật cũng cho phép những người được chẩn đoán chứng khó đọc giới tính thay đổi hợp pháp giới tính của họ ở tuổi 18.[40] Các thay đổi dự kiến ​​sẽ có hiệu lực vào ngày 1 tháng 4 năm 2022.